Warto (Fedi Nuril) hidup sederhana di sebuah desa kecil dengan berjualan ikan di pasar. Di balik kesehariannya yang biasa saja, tak banyak orang tahu bahwa di masa mudanya Warto adalah seorang kiper legendaris di kancah sepak bola antarkampung (tarkam). Namun, kenangan masa lalu itu sudah lama ia kubur dalam-dalam demi fokus membesarkan putra tunggalnya, Dino (Ali Fikry). Hubungan mereka berdua terbilang kaku, dingin, dan penuh kesalahpahaman karena sifat Warto yang kaku dan jarang mengekspresikan kasih sayangnya secara langsung.
Dino tumbuh menjadi remaja yang amat berbakat dan bercita-cita tinggi untuk menjadi pemain sepak bola profesional. Bakat alaminya sebagai seorang striker membuat Dino mendapat kesempatan emas untuk mengikuti seleksi bakat klub besar. Sayangnya, impian besar itu terancam kandas akibat persoalan administrasi serta konflik internal tim lokal yang menaunginya. Melihat raut keputusasaan di wajah sang anak, naluri pelindung Warto sebagai seorang ayah seketika bangkit.
Demi membuka kembali peluang bagi Dino, Warto mengambil keputusan nekat untuk kembali ke lapangan hijau. Ia nekat mendaftarkan sebuah tim untuk bertanding di turnamen tarkam bergengsi yang dipenuhi syarat dan pertaruhan tinggi. Tanpa ragu, Warto mulai mencari dan mengumpulkan kembali teman-teman satu timnya dahulu yang tergabung dalam "Serigala Sakti", sebuah tim legendaris lokal yang kini anggotanya sudah terpencar dengan berbagai profesi—mulai dari kuli bangunan, hansip, montir, hingga mantan preman.
Reuni "Serigala Sakti" tentu tidak berjalan mulus karena stamina mereka yang sudah jauh menurun dan bentuk fisik bapak-bapak yang tak lagi prima. Gelak tawa dan kelakuan konyol mewarnai setiap sesi latihan, namun semangat Warto untuk menjaga mistar gawang tak pernah padam. Dino yang awalnya ragu dan malu melihat aksi nekat ayahnya, perlahan mulai menyadari betapa besarnya pengorbanan serta rasa cinta yang selama ini disembunyikan oleh Warto di balik sikap dinginnya.
Lewat kerja keras, peluh, dan kekompakan yang kembali terjalin, tim bapak-bapak ini bertarung habis-habisan di setiap pertandingan. BAPAKMU KIPER bukan sekadar kisah tentang persaingan sengit dan gelak tawa di lapangan tarkam, melainkan sebuah perjalanan emosional tentang kerinduan, kesempatan kedua, dan pembuktian cinta seorang ayah yang rela melakukan apa saja demi melihat anaknya berhasil meraih impian.