Spider-Man: Brand New Day melanjutkan kisah Peter Parker setelah peristiwa besar dalam Spider-Man: No Way Home. Setelah pengorbanannya untuk menyelamatkan dunia, Peter memilih menghapus keberadaannya dari ingatan semua orang melalui sihir Doctor Strange. Akibatnya, dunia tidak lagi mengenal Peter Parker, termasuk orang-orang terdekatnya seperti MJ dan Ned. Kini Peter harus menjalani kehidupan baru sebagai Spider-Man yang sepenuhnya anonim, tanpa dukungan keluarga maupun sahabat.
Beberapa tahun setelah kejadian tersebut, Peter telah menjadi pahlawan jalanan sepenuhnya. Ia menghabiskan waktunya melindungi New York dari berbagai ancaman, tetapi kehidupan sebagai Spider-Man tanpa identitas mulai memberikan tekanan besar. Melihat MJ dan Ned melanjutkan hidup tanpa dirinya membuat Peter mengalami konflik emosional: ia berhasil menyelamatkan orang-orang yang ia cintai, tetapi harus menerima kenyataan bahwa mereka tidak akan pernah mengingat pengorbanannya.
Ketika serangkaian kejahatan misterius mulai muncul di kota, Peter menemukan bahwa ancaman baru tersebut jauh lebih berbahaya daripada yang pernah ia hadapi. Musuh ini menghadirkan tantangan yang sulit dipahami, bahkan disebut sebagai ancaman kuat yang tidak mudah terlihat. Di tengah penyelidikan tersebut, Peter harus menghadapi perubahan besar dalam dirinya sendiri, baik secara fisik maupun mental, yang dapat memengaruhi masa depannya sebagai Spider-Man.
Dalam perjalanannya, Spider-Man juga akan berhadapan dengan berbagai karakter baru dan lama di dunia Marvel. Film ini memperkenalkan kembali hubungan Peter dengan dunia pahlawan lain, termasuk keterlibatan Frank Castle alias The Punisher. Selain itu, beberapa karakter misterius turut muncul, sementara peran beberapa tokoh seperti karakter yang diperankan Sadie Sink masih menjadi rahasia besar yang memicu banyak spekulasi penggemar.
Secara keseluruhan, Spider-Man: Brand New Day menjadi babak baru bagi Peter Parker: seorang pahlawan yang kehilangan identitasnya, tetapi tetap memilih melakukan hal yang benar. Film ini mengeksplorasi tema kesepian, pengorbanan, tanggung jawab, dan arti sebenarnya menjadi Spider-Man. Dengan kembalinya Tom Holland sebagai Peter Parker dan arahan sutradara Destin Daniel Cretton, film ini menghadirkan kisah Spider-Man yang lebih dewasa, emosional, sekaligus penuh aksi dalam menghadapi ancaman baru yang dapat mengubah hidupnya selamanya.